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정부의 예산은 종전과 같은 단년도 편성에 더해 5년을 단위로 한 국가 중기 재정계획도 함께 제시되는 새로운 형태가 가미되고 있다. 이는 61년 예산회계법이 제정된 이래 현재까지의 재정운용방식이 단년도 위주가 되고 있어 성과관리가 미흡하고 중장기적 관점도 미흡하다는 지적에 따른 것이다. 특히 최근 세입증가율이 차츰 둔화되고 있는데 반해 복지지출, 공적연금, 통일비용 등 세출 소요는 계속 증가해 재정운용의 중장기적 건전성과 효율성을 도모하기 위해서는 반드시 중장기적 예산소요 및 충당계획의 수립이 필요하다는 정부와 국회 내의 의견에 따른 것이기도 하다.

한편 참여정부에서는 인수위 당시부터 중장기 재정운용계획 수립을 포함, 3대 재정개혁과제를 제시한 바 있다. 참여정부의 3대 재정개혁 과제는 다음과 같다.

기존 재정운용방식의 문제점과 참여정부 3대 재정개혁 과제

기존 재정 운용방식	문제점	참여정부의 3대 재정개혁 과제
단년도 위주의 재정운용	- 투자의 일관성 부족 - 재정의 경기자동조절 기능 미약	1. 중장기 국가재정계획을 수립하여 단년도 예산편성의 기본틀로 활용
통제 위주의 예산편성	- 각 부처의 전문성과 창의성 발휘 곤란 - 분야별 투자우선 순위에 대한 정책적 검토 부족	2. 국가재정운용계획에 따라 분야별, 부처별 지출한도를 미리 설정하고 그 한도내에서 각 부처가 예산을 자율편성하는 예산 총액배분, 자율편성(Top-Down) 제도 도입
투입 중심의 재정관리	- 예산확보를 위한 관행적 과다요구 유발 - 각 부처의 집행결과에 대한 책임 과 관심 미흡	3. 예산편성에 대한 부처의 자율권 확대에 상응하여 주요 재정사업에 대한 성과평가를 실시하고 그 결과를 재정 운용에 반영

자료 : 기획예산처

참고 : 정부의 예산편성 과정

매년도 차년도의 정부 예산편성과정은 1월부터 시작된다. 기획예산처에서 각 부처에 중기재정 운용계획 수립지침을 시달하는 것에서 시작하여 9월 중에는 정부안이 확정되고 10월 1일에는 국회에 정부예산안으로 제출된다.

•	1월 초 중기재정운용계획 수립지침 시달(기획예산처, 부처별 1차 잠정지출한도 제시)
•	1월 말 부처별 재정운용계획 제출(각 부처)
•	4월초 익년도 예산편성지침 및 기준 통보(예산처, 부처별 2차 잠정지출한도 제시)
•	4월말 중장기 재원배분방향 결정(국무위원 재원배분회의, 부처별 지출한도 결정 통보)
•	6월말 지출한도를 준수한 부처별 예산 요구
•	7월중 각 부처 요구예산안 심의 및 결과 통보(기획예산처, R&D는 과학기술혁신본부)
•	8월초 각 부처 지출 한도 내에서 기획예산처 심의결과를 감안하여 각부처와 기획예산처간 의견 조율 후 예산안 결정
•	8월 중순 이후 당정협의, 대통령 중간보고, 장차관 협의 등
•	8월 중순 이후 당정협의, 대통령 중간보고, 장차관 협의 등
•	10.1 정부 예산안 국회 제출

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