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중국이 막대한 예산을 들여 동북공정을 추진하고 있는 이유는 여러 가지로 분석되고 있다.
우선 동북지역의 전략적 가치가 증대함에 따라 중국이 이 지역에 대한 역사적 연고권을 주장하려는 것으로 볼 수 있다. 이 지역 역사를 중국사로 기정사실화함으로써 북한의 붕괴나 남북통일 등 상황 변화에 대응하고 중국에 유리하게 상황을 끌고 가려는 것이다. 동북공정이 학술 사업이 아니라 국제정치적, 안보적 전략에 따른 치밀한 계산이 깔려 있다는 뜻이다.
특히 중국은 통일 한국의 만주지역에 대한 영향력 확대를 미리 차단하려는 의도를 깔고 있다고 할 수 있다. 만주지역은 오랫동안 한국인의 활동무대였고, 지금도 조선족 수십만 명이 동북 3성 지역에 거주하고 있다. 한반도 통일 후 만주지역은 동요할 수밖에 없고, 지역분쟁 또는 지역 불안정의 원인이자 무대가 될 수 있는 것이다.
또한 중국은 과도기 한반도에 대한 개입 여지를 확보해 두려는 사전 포석을 동북공정을 통해 두고 있다는 분석도 있다. 향후 중국 중심의 동아시아, 아시아공동체를 구성하기 위한 전 단계의 정지작업이라는 것이다.
중국은 블록화 추세가 가속화되고 있는 현 국제 정세 속에서 미래에 누가 동북아, 동아시아의 맹주 자리를 차지할 것인가를 염두에 두면서 동북공정을 무리하게 추진하고 있는 것으로 보인다. 한국은 물론 일본, 나아가 미국 등 서구국가들도 동북공정을 주시하는 것은 이 때문이다. | 
